Un habitat naturel d’intérêt communautaire est un habitat naturel, terrestre ou aquatique, en danger ou ayant une aire de répartition réduite ou constituant un exemple remarquable de caractéristiques propres à une ou plusieurs des neuf régions biogéographiques et pour lequel doit être désignée une Zone Spéciale de Conservation.
Le site Natura 2000 des Gorges de la Tardes et de la vallée du Cher abrite 15 habitats d'intérêt communautaire répertoriés dans l'annexe I de la directive Habitats.
3 Habitats forestiers
Les forêts de pentes, éboulis et ravins (9180)
La hêtraie de l'Asperulo-fagetum (9130)
2 Habitats forestiers liès à l'eau
Les forêts alluviales à aulne et frêne (91EO)
La saulaie arborescente à saule blanc (91EO-1)
5 Habitats liès à l'eau
La mégaphorbiaie riveraine (6430)
Les communautés à Characées des eaux oligo-mésotrophes basiques (3140-1)
Les communautés annuelles mésotrophiques à eutrophiques, de bas niveau topographique, planitiaires d’affinités continentales, des isoeto-Juncetea (3130-3)
Les rivières avec berges vaseuses avec végétation du Chenopodion rubri et du Bidention (3270)
4 Les habitats des milieux ouverts
La lande sèche à callune et genêt (4030)
Végétation des falaises avec végétation chasmophytique (8220)
Roches siliceuses avec végétation pionnière (8230)
1 autre habitat
Les grottes à chauves-souris (8310-1)
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