Cobitidés
- Nemacheilus barbatulus, loche franche
Cottidés
Cyprinidés
- Abramis brama, bréme
- Alburnoides bipunctatus, spirlin
- Alburnus alburnus, ablette
- Barbus barbus, barbeau fluviatile
- Cyprinus carpio, carpe sauvage
- Gobio gobio, goujon
- Leuciscus cephalus, chevaine
- Leuciscus leuciscus, vandoise
- Phoxinus phoxinus, vairon
- Rhodeus amarus, bouvière
- Rutilus rutilus, gardon
- Scardinius erythrophtalmus, rotengle
- Tinca tinca, tanche
Esocidés
- Esox lucius, brochet
Ictaluridés
- Ictalurus melas, poison chat
Percidés
- Perca fluviatilis, perche fluviatile
- Stizostedion lucioperca, sandre d'Europe centrale
Petromizonidés
Salmonidés
- Oncorhynchus mykiss, truite arc-en-ciel (introductions périodiques)
- Salmo trutta fario, truite fario
Siluridés
- Silurus glanis, silure glane
Le Cher à Chambonchard sous surveillance
Dans le cadre du réseau de surveillance lié à la directive cadre européenne sur l'eau, un tronçon de 300 m est régulièrement suivi par l'Office de Biodiversité. La population piscicole est suivie tous les deux ans, en général au mois de juin, par des sondages EPA, (Prospection Partielle en Echantillonnage Ponctuel d'Abondance). Les captures temporaires sont autorisées en respect de l'article L.436-9 du code de l'environnement.
Trois sondages ont déjà été réalisés le 4 juin 2008 avec un niveau de l'eau très élevé après de nombreuses pluies, le 23 juin 2009 dans d'excellentes conditions après un report de la date initialement prévue suite à des crues. Enfin le 4 juillet 2017, une pêche éléctrique a été réalisée sur un tronçon du Cher, près de Chambonchard. Avec un niveau d'eau plutôt bas, les résultats se sont trouvés assez maigres, notamment au niveau des poissons d'intérêt communautaire.