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Natura 2000, qu’est-ce que c’est ?

Le réseau Natura 2000, constitué d’un ensemble de sites naturels, terrestres et marins, vise à assurer la survie à long terme des espèces et des habitats particulièrement menacés, à forts enjeux de conservation en Europe. L’objectif de la démarche européenne, fondée sur les directives Oiseaux et Habitats faune flore, est double :

la préservation de la diversité biologique et du patrimoine naturel : le maintien ou le rétablissement du bon état de conservation des habitats et des espèces s’appuie sur le développement de leur connaissance ainsi que sur la mise en place de mesures de gestion au sein d’aires géographiques spécialement identifiées, les sites Natura 2000. Le maillage de sites s’étend sur tout le territoire de l’Union européenne pour une politique cohérente de préservation des espèces et des habitats naturels ;

la prise en compte des exigences économiques, sociales et culturelles, ainsi que des particularités régionales : les projets d’aménagements ou les activités humaines ne sont pas exclus dans les sites Natura 2000, sous réserve qu’ils soient compatibles avec les objectifs de conservation des habitats et des espèces qui ont justifié la désignation des sites.

La France s’est attachée à valoriser le patrimoine naturel des territoires en encourageant la prise de conscience collective des enjeux écologiques dans les gouvernances des territoires. Il s’agit notamment d’articuler les différentes politiques et dispositifs de gestion des territoires en tenant compte du rôle et de la responsabilité des acteurs, à travers des actions de concertation ou de partenariat. La sensibilisation et l’éducation du grand public aux enjeux de la biodiversité tient une place essentielle. La dynamique d’un tel réseau nécessite une animation soutenue des réseaux d’acteurs, favorisant les échanges et les bonnes pratiques.

Bases juridiques communes aux États membres

Depuis le sommet de Rio en 1992, l’Union européenne s’est engagée à enrayer la perte de la biodiversité sur ses territoires en créant un réseau de sites écologiques nommé Natura 2000. Avec plus de 23 700 sites terrestres et marins, il s’agit du plus vaste réseau de sites protégés au monde.

La création du réseau européen Natura 2000

Sur la base d’inventaires et d’études scientifiques, l’Union européenne a identifié sur son territoire les espèces animales et végétales ainsi que les habitats (milieux) « en danger de disparition », « vulnérables », « rares » ou « endémiques ». Définis comme étant d’intérêt communautaire, ces espèces et habitats bénéficient de mesures de conservation au titre de Natura 2000 et font l’objet de listes exhaustives annexées aux directives européennes. ;

Ce réseau est fondé sur la mise en application de deux directives européennes :

  • la directive Oiseaux 2009/147/CE du 30 novembre 2009 (qui a recodifié la directive initiale du 2 avril 1979) a pour objet la conservation de toutes les espèces d’oiseaux sauvages et définit les règles encadrant leur protection, leur gestion et leur régulation. Elle s’applique aux oiseaux ainsi qu’à leurs œufs, à leurs nids et à leurs habitats. Certaines espèces nécessitant une attention particulière afin d’assurer leur survie, précisées à l’annexe I, font l’objet de mesures spéciales concernant leur habitat. Ces espèces, ainsi que les espèces migratrices dont la venue est régulière, sont protégées dans des sites Natura 2000 dits zones de protection spéciale (ZPS) ;
  • la directive Habitats faune flore 92/43/CEE du 21 mai 1992 a pour objet la conservation des habitats naturels et de la faune et de la flore sauvages. Les annexes I et II de cette directive listent les types d’habitats naturels et les espèces animales et végétales dont la conservation nécessite la désignation de sites Natura 2000 dits zones spéciales de conservation (ZSC). Certains habitats ou certaines espèces dits prioritaires sont identifiés comme en danger de disparition et répondent à des règles particulières. La directive établit un cadre pour les actions communautaires de conservation de ces espèces et habitats en cherchant à concilier les dimensions scientifiques qui fondent les délimitations des sites avec les exigences économiques, sociales et culturelles des territoires.

Les espèces et habitats naturels qui nécessitent, sur la base de ces deux directives, la désignation de zones de protection spéciale ou de zones spéciales de conservation sont dites d’intérêt communautaire, car représentatives de la biodiversité européenne.

Ces deux directives imposent à chaque État membre d’identifier sur son territoire ces deux types de sites d’intérêt communautaire. Une fois désignés, ces sites font partie intégrante du réseau Natura 2000 et doivent être gérés de façon à garantir la préservation à long terme des espèces et des habitats qui justifient leur désignation.

Qu’est-ce qu’un habitat naturel d’intérêt communautaire

(annexe I de la directive Habitats faune flore) ?

Un habitat naturel est une zone terrestre ou aquatique qui se distingue par ses caractéristiques géographiques, abiotiques et biotiques, qu’elle soit naturelle ou semi-naturelle. Un habitat naturel d’intérêt communautaire est un habitat naturel qui répond au moins à l’une des caractéristiques suivantes :

  • est en danger de disparition dans son aire de répartition naturelle ;
  • a une aire de répartition naturelle réduite par suite de sa régression ou en raison de son aire intrinsèquement restreinte ;
  • constitue un exemple remarquable de caractéristiques propres à l’une ou plusieurs des 9 régions biogéographiques.

Qu’est-ce qu’une espèce d’intérêt communautaire

(annexe II de la directive Habitats faune flore et annexe I de la directive Oiseaux) ?

Une espèce d’intérêt communautaire est une espèce animale ou végétale qui répond au moins à l’une des caractéristiques suivantes :

  • est en danger, excepté le cas des espèces dont l’aire de répartition naturelle s’étend de manière marginale sur le territoire européen et qui ne sont ni en danger ni vulnérables dans l'aire du paléarctique occidental ;
  • est vulnérable, c’est-à-dire dont le passage dans la catégorie des espèces en danger est jugé probable dans un avenir proche en cas de persistance des facteurs qui causent la menace ;
  • est rare, c’est-à-dire dont les populations sont de petite taille et qui, bien qu’elle ne soit pas actuellement en danger ou vulnérable, risque de le devenir. Ces espèces sont localisées dans des aires géographiques restreintes ou éparpillées sur une plus vaste superficie ;
  • est endémique et requière une attention particulière en raison de la spécificité de son habitat ou des incidences potentielles de son exploitation sur son état de conservation.

La conservation de ces espèces implique également la préservation de leurs lieux de vie correspondant à l’habitat d’espèce.

La démarche française : concertation, volontariat et contractualisation

Le code de l’environnement consacre une section particulière aux sites Natura 2000 dans laquelle il fixe le cadre général de leur désignation et de leur gestion (articles L. 414.1 à L. 414.7 et R. 414-1 à R. 414-29).

Une approche concertée

Afin que les partenaires s’approprient les enjeux du dispositif Natura 2000, et à travers ceux-ci les grands enjeux de la biodiversité et du développement durable, la réglementation française favorise la concertation : élus, agriculteurs, forestiers, chasseurs, pêcheurs, propriétaires terriens, associations, usagers et experts sont associés à la gestion de chaque site. La participation active de l’ensemble des acteurs locaux et le dialogue au sein des comités de pilotage (COPIL) des sites Natura 2000 permettent à chacun de s’approprier les enjeux de conservation du patrimoine naturel et les enjeux socio-économiques du territoire, de contribuer à la définition des objectifs et de construire une gestion de la nature fondée sur les connaissances des acteurs du territoire.

Une gestion contractuelle et volontaire

Outre la concertation, la France a fait le choix d’une gestion contractuelle et volontaire des sites en offrant la possibilité à des particuliers détenteurs de droits réels sur les espaces concernés de s’investir dans leur gestion par la signature de contrats et de chartes Natura 2000.

Cette politique ambitieuse de la France vise le développement d’une gouvernance locale et encourage une adhésion effective des citoyens aux objectifs de Natura 2000. Dans le cadre de cette politique contractuelle, le COPIL joue un rôle important dans la planification des actions de gestion du site. Ses réunions régulières permettent de mettre en perspective les actions de conservation de la biodiversité à mener dans un contexte de valorisation des territoires.

Cette politique contractuelle et concertée s’applique en parallèle du dispositif réglementaire d’évaluation des incidences Natura 2000, prévu par la directive Habitats faune flore et le code de l’environnement. La combinaison des outils contractuels et réglementaires favorise l’investissement de chacun pour un cadre d’intervention cohérent.

Gestion des sites Natura 2000 en France : animation et outils

La gestion des sites est fondée sur des instances de concertation et la participation large des acteurs du terrain. Cette approche a pour objectif de prendre en compte l’ensemble des aspirations des parties prenantes, qu’elles soient écologiques, économiques, culturelles ou sociales. Elle permet d’envisager les solutions et mesures concrètes à mettre en œuvre pour réaliser les objectifs qui doivent concourir au maintien ou à l’amélioration de l’état de conservation des habitats naturels et des espèces pour lesquels le site a été désigné.

Pour le réseau des sites majoritairement terrestres, le MTES a rédigé un guide concernant la gestion des sites (installation des COPIL, élaboration des documents d’objectifs (DOCOB) et mise en œuvre (chartes, contrats)). Il est destiné aux acteurs du réseau Natura 2000 : élus, animateurs, services de l’Etat, autorités de gestion des fonds européens.

Gouvernance des sites Natura 2000

Le comité de pilotage

Constitué au moment de la création du site Natura 2000, le comité de pilotage (COPIL) est un organe officiel de concertation et de débat. Il a notamment pour charge d’élaborer le document d’objectifs (DOCOB) servant à la gestion du site. Ainsi, à chaque site correspond un COPIL et un DOCOB.

La composition des COPIL est réglementée par le code de l’environnement, Toutefois le nombre de ses membres n’est pas défini et laissé au choix de l’autorité compétente (préfet départemental, maritime ou coordonnateur) en fonction des caractéristiques de chaque site. Selon le type de site (terrestre, marin ou mixte, intégrant ou non des terrains militaires, des parties de parc national...), le COPIL est constitué de membres pouvant être différents au regard des spécificités de chaque site.

Une collectivité territoriale ou un groupement de collectivités territoriales est désigné au sein du COPIL pour assurer le suivi des tâches administratives, techniques et financières nécessaires à l’élaboration et à la mise en œuvre du DOCOB. Cette collectivité territoriale peut assumer ces tâches en régie ou faire appel à un organisme tiers alors appelé opérateur. À défaut de candidature d’une collectivité membre du COPIL, ces missions sont assurées par L’État.

Le document d’objectifs (DOCOB)

Le contenu de ce document directeur d’un site Natura 2000 est défini par le code de l’environnement. Il s’agit entre autres d’y retrouver les éléments décrivant l’état initial de conservation du site, les objectifs de développement durable du site ainsi que des propositions de mesures permettant de les atteindre, les procédures de suivi et d’évaluation de ces mesures.

Le document d’objectifs n’est pas soumis à la procédure d’enquête publique avant son approbation par l’autorité compétente. Il est cependant tenu à la disposition du public dans les mairies des communes situées dans le périmètre du site.

Le document d’objectifs pourra ensuite être révisé, notamment à la suite d’une évaluation de l’état de conservation des espèces et des habitats menée périodiquement par le préfet, en lien avec le comité de pilotage. Le cas échéant, cette révision est menée dans les mêmes conditions que celles présidant à son élaboration initiale.

L’animateur de site

La mise en œuvre effective du document d’objectifs d’un site Natura 2000 est assurée par un animateur de site. Cet intervenant peut être un employé de l’organisme chargé du suivi de la mise en œuvre du document d’objectifs (structure porteuse) ou un prestataire qui agit pour son compte.

Le rôle de l’animateur consiste à faire vivre le site en favorisant les projets durables de territoire, en utilisant les outils propres à Natura 2000 (contrats et chartes Natura 2000) et en informant et sensibilisant les socio-professionnels sur la manière d’atteindre les objectifs définis dans le document d’objectifs.

Conformément à la concertation ayant présidé à l’élaboration du document d’objectifs, l’animateur accompagne les acteurs locaux pour favoriser un développement harmonieux de leur territoire et valoriser la richesse d’un patrimoine unique.

Les contrats Natura 2000

Le contrat Natura 2000 est une démarche volontaire qui permet aux personnes physiques et morales de s’engager concrètement dans un programme d’actions en faveur des habitats et des espèces d’intérêt communautaire, moyennant une aide financière. Cette aide est la contrepartie d’engagements volontaires assumés par le titulaire de droits réels et personnels.

Toute personne physique ou morale, publique ou privée, titulaire de droits réels et personnels sur des terrains inclus dans un site Natura 2000 doté d’un document d’objectif et lui conférant la jouissance des parcelles concernées, peut signer un contrat Natura 2000.

Le contrat Natura 2000 est signé pour 5 ans entre le préfet, la région et le titulaire de droits réels ou personnels. Il définit les actions à mettre en œuvre conformément au document d'objectifs ainsi que la nature et les modalités de versement des aides. Les actions pour lesquelles s’engagent les pétitionnaires doivent être à vocation non productive.

Le signataire du contrat peut faire l’objet de contrôles de la part des autorités chargées de la mise en œuvre du dispositif afin de vérifier le respect des engagements prévus dans le contrat et les cahiers des charges associés aux actions.

Au titre de l’article 1395E du code général des impôts, la signature d’un contrat Natura 2000 donne droit à une exonération de la taxe foncière sur les propriétés non bâties (TFPNB).

Par ailleurs, la signature d’un contrat Natura 2000 ouvre droit à une exonération partielle des droits de succession sous condition d’une garantie de gestion durable et dans les conditions prévues à l’article 793 du code général des impôts.

Il existe 3 types de contrats Natura 2000 mobilisables :

  • les contrats Natura 2000 ni agricoles ni forestiers, dits ni-ni, et les contrats forestiers : ces deux types de contrat permettent aux pétitionnaires de réaliser des travaux d’entretien et de gestion écologique dans une logique non productive sur des parcelles incluses dans le périmètre d’un site Natura 2000. Ils sont financés sur la base du coût total éligible des travaux réalisés conformément au cahier des charges défini dans le DOCOB ;
  • les mesures agroenvironnementales répondant aux enjeux Natura 2000 (MAET) : elles sont exclusivement destinées aux exploitants agricoles et ne concernent que les surfaces agricoles déclarées à la politique agricole commune (PAC). Les MAE sont rémunérées sur la base de surcoûts et de pertes de revenus générés par les engagements par rapport à la pratique traditionnellement mise en œuvre par les exploitants. En effet, certaines pratiques jugées plus favorables pour l’environnement peuvent avoir un impact direct ou indirect sur l’activité économique de l’exploitation, comme la limitation des intrants ou le retard de fauche ;

La chartes Natura 2000

La charte Natura 2000 est un élément constitutif du DOCOB de chaque site et elle constitue l’autre volet de la politique contractuelle et volontaire de Natura 2000. À la différence des contrats, la charte ne prévoit pas de contrepartie financière.

La charte contient des engagements qui contribuent, selon les orientations définies dans le DOCOB, à la conservation des habitats et des espèces présents sur le site Natura 2000. Ces engagements ne nécessitent pas de la part du signataire un investissement susceptible d’entraîner des coûts importants et relèvent davantage de bonnes pratiques ou, le cas échéant, permettent de prévenir l’incidence d’une activité ou d’un projet.

Les signataires peuvent souscrire à deux types d’engagements.

  • Les engagements de bonnes pratiques concernent généralement trois aspects :
  • des engagements généraux valables sur l’ensemble du site ;
  • des engagements différenciés en fonction des habitats ou des espèces qui intéressent le signataire (milieux ouverts, milieux forestiers…) ;
  • des engagements dans le cadre d’une activité non soumise à évaluation des incidences Natura 2000.

Ce volet de la charte peut également prévoir des recommandations générales.

Les engagements spécifiques à une activité sont destinés à dispenser les signataires d’évaluation d'incidences Natura 2000. Ces engagements définissent, par type d’activité (gestion forestière par exemple), les conditions dans lesquelles l’activité ou le projet habituellement soumis à évaluation des incidences Natura 2000 ne porteront pas atteinte de manière significative aux sites Natura 2000. Cette exonération ne dispense cependant pas des formalités administratives auxquelles le projet est soumis (demande d’autorisation, dépôt de déclaration).

Toute personne physique ou morale, publique ou privée, titulaire de droits réels et personnels sur des terrains inclus dans le site peut adhérer à la charte Natura 2000, engagements de bonnes pratiques. Les porteurs de projets souhaitant mettre en œuvre des activités soumises à une évaluation des incidences peuvent adhérer aux engagements spécifiques à une activité lorsqu’ils ont été définis au niveau du site Natura 2000. Tous les espaces terrestres ou marins situés en site Natura 2000 sont concernés.

Quel que soit le type d'engagement adopté, l’adhérent s’engage pour une durée de 5 ans. L’adhésion à la charte Natura 2000 n’impose pas la signature d’un contrat Natura 2000, qui reste néanmoins possible. De même, un titulaire de contrat Natura 2000 n'est pas contraint de signer la charte Natura 2000.

La signature d’une charte Natura 2000 donne droit, uniquement pour les engagements de bonnes pratiques, à l’exonération de la taxe foncière sur les propriétés non bâties (TFPNB) et à l’exonération des droits de mutation selon le même dispositif fiscal que celui prévu pour les contrats Natura 2000 et permet d’accéder à certaines aides publiques (notamment en matière forestière où l’adhésion à la charte Natura 2000 constitue des garanties de gestion durable des bois et forêts situés dans le site).

Définition des périmètres des sites Natura 2000 : critères de sélection des territoires à préserver

Deux procédures distinctes de désignation des sites ont été mises en place, l’une pour la sélection des sites Oiseaux correspondant aux zones de protection spéciale (ZPS), l’autre pour la sélection des sites Habitats naturels et autres espèces correspondant aux zones spéciales de conservation (ZSC). Un élément commun les unit pour le choix des zones et la définition de leurs périmètres : l’analyse du territoire sur la base de critères scientifiques.

L’annexe III de la directive Habitats fixe les principaux critères de sélection :

  • pour les habitats naturels ou semi-naturels, il s’agit essentiellement de la représentativité de l’habitat dans le site, de sa surface et de son état de conservation. Il faut aussi parfois considérer certaines spécificités des milieux, comme celles des milieux marins présentant une colonne d’eau importante ;
  • pour les espèces animales et végétales, il s’agit essentiellement de l’importance des populations présentes dans le site par rapport aux populations évaluées sur le territoire national. Le degré de conservation de l’habitat et sa fonctionnalité (aire de repos, de reproduction, d’alimentation, d’hivernage, d’estivage) entre aussi en jeu.

Lorsqu’il s’agit d’espèces mobiles comme les oiseaux migrateurs, les mammifères marins ou les poissons, l’identification et le choix des sites sont plus complexes. Les représentants des États membres s’efforcent alors de prendre en compte les lieux présentant des facteurs essentiels à la survie et à la reproduction de ces espèces.

Chaque pays établit ainsi des listes de propositions de sites pour chaque type d’habitat naturel et pour chaque type d’espèce. La Commission européenne, assistée d’experts scientifiques, les examine ensuite par zone biogéographique.

Les informations scientifiques relatives à chaque site Natura 2000 français sont présentes dans les formulaires standard de données disponibles sur le site de l’Inventaire national du patrimoine naturel (INPN).

Désignation des sites Natura 2000

Des propositions de sites (ZPS ou ZSC) sont tout d’abord établies. Elles sont soumises par les préfets à la consultation des organes délibérants des communes et des établissements publics de coopération intercommunale (EPCI) concernés, ainsi qu’aux autorités militaires dans le cas des sites incluant des terrains militaires ou des surfaces marines

Les conseils municipaux et les établissements publics de coopération intercommunale (EPCI) sont tenus d’émettre un avis motivé dans le délai de deux mois à compter de leur saisine. À défaut, ils sont réputés avoir émis un avis favorable. Les dossiers de propositions sont ensuite transmis au ministre en charge de l’Environnement, le cas échéant au ministre de la Défense. Les propositions de sites finalement retenues par le ministère en charge de l’Environnement font, enfin, l’objet d’une consultation interministérielle.

À l’issue de ces consultations, la suite de la procédure de désignation diffère selon les directives :

  • les zones de protection spéciale (ZPS) sont d’abord désignées en droit national par arrêté ministériel (ministre chargé de l’Environnement, le cas échéant ministre de la Défense). L’arrêté est publié au Journal officiel de la République français puis notifié à la Commission européenne,
  • les zones spéciales de conservation (ZSC) font au préalable l’objet de propositions de sites d’importance communautaire (pSIC) soumises à la validation de la Commission européenne. À l’issue de l’évaluation communautaire (délai d’environ 15 mois), ces propositions sont inscrites sur l’une des listes biogéographiques des sites d’importance communautaire (SIC) publiées au Journal officiel de l’Union européenne. C'est seulement après la parution de cette liste que les États membres peuvent et doivent désigner les sites d’intérêt communautaire (SIC) en droit national, sous le statut de ZSC.

Évaluation de l’état de conservation des sites - Principes de l’évaluation et résultats

À partir des propositions de sites d’intérêt communautaire transmises par les États membres, ainsi que des rapports qu’ils établissent tous les 6 ans sur l’état de leur réseau, la Commission européenne évalue, habitat par habitat et espèce par espèce, la suffisance, la cohérence et l’équilibre du réseau Natura 2000. Cet examen s’effectue par région biogéographique sur la base de critères scientifiques et avec le concours du Centre thématique européen pour la diversité biologique de l'Agence européenne pour l'environnement (CTE/DB – consortium hébergé par le Muséum national d’histoire naturelle jusqu’en 2018). L’état du réseau est alors qualifié avec les termes suivants : suffisant, insuffisance mineure, modérée ou majeure, réserve scientifique (c’est-à-dire données scientifiques insuffisantes pour désigner des sites). Dans le cas où le réseau est jugé insuffisant pour une espèce ou un habitat, les États membres doivent établir des propositions complémentaires.

En France, la désignation pour la partie terrestre est considérée comme achevée. Le réseau terrestre est jugé suffisant même si certains compléments sont à apporter par modification ou extension de périmètres de sites, voire de création de nouveaux sites.